La Chiesa dei Francescani di Bolzano annessa al convento è una delle poche superstiti che testimonia tuttora la tensione dello slancio verso l'alto, propria del gotico originario. Lo scenario è dominato dal celebre altare ligneo a scrigno e portelle intagliate gotico con al centro la natività, opera di Hans Klocker, una delle opere d'arte gotica più insigni conservate nelle chiese di Bolzano.

Le pareti della chiesa sono pressochè totalmente bianche; uno dei pochi affreschi rimasti (l'edificio fu gravemente danneggiato dai bombardamenti nel 1943-1944) risalente al 1500, rappresenta un'autentica rarità: cioè una università racchiusa in una chiesa.

Il coro della chiesa è impreziosito dalle vetrate moderne di Widmoser.

Dal lato sinistro si accede al chiostro ad arcatelle trilobate, costruito nei primi del 1300 ed ornato da un prezioso ciclo di affreschi della scuola giottesca, del Seicento e Settecento. Si tratta di uno splendido esempio gotico che sostituisce il romanico della prima costruzione.

Di particolare interesse la cappella di Sant'Erardo, frequentata secondo una credenza dal giovane San Francesco in compagnia di suo padre, con un ciclo di affreschi protogotici (XIV secolo)

Il complesso conventuale dei Francescani, documentato a Bolzano dal 1237, sorse su un terreno del Vescovo di Bressanone attorno all'antica cappella di S. Ingenuino.

Dopo l'incendio del 1291 la chiesa venne ricostruita in forme gotiche: il coro ed il campanile sono del XIV secolo, il soffitto a volte risale alla metà del XV secolo. All'interno si trova un altare a portelle di H. Klocker (1500)